После принятия новой Конституции в РФ были переформированы арбитражные суды, которые должны были соответствовать обновленной сфере экономики и предпринимательства. В 1992 году был образован и арбитражный суд Вологодской области, который изначально выделялся на фоне других большим штатом сотрудников и высокой квалификацией судей. На 2015 год в штате числятся 34 судьи и 91 работник аппарата, несколько судей временно находятся в отставке.
Деятельность данного суда осуществляется президиумом и несколькими коллегиями, включая гражданскую и административную.
Штат судей делится на несколько составов, каждый из которых отвечает за подведомственную ему деятельность. Первый – за дела о банкротстве и все споры между заемщиками и кредиторами, связанные с несостоятельностью, второй – за гражданские дела, третий – за споры, связанные с вещным правом, четвертый – за административные правонарушения, пятый – за налоговые споры. Такая структура судебного аппарата способствует более эффективному решению дел и улучшению юридической практики.
Также суд имеет несколько отделов, включая делопроизводственный, кадровый, финансовый и информационно-аналитический.