Вокзал расположен на месте, где когда-то была станция шхуны «Алеут», спустя некоторое время там построили каменную пристань, необходимую для приема, отправки и таможенного контроля коммерческих грузов. В 1903 году на пристани построили первое здание морского вокзала для хранения особых таможенных грузов и карантина. Складские помещения располагались на цокольном этаже, а верхние этажи занимали торговые конторы.
В 1959 году началось строительство нового здания морского вокзала, так как старый перестал отвечать все возрастающим требованиям. Проект нового здания был выполнен московским «Морсоюзпроектом», архитектором П.И. Бронников. Старое здание вокзала были практически полностью снесено, оставили только цокольную часть. Новое здание стало удивительным по своей красоте и размаху и очень многофункциональным. По очертаниям оно напоминает изящный океанский лайнер — фасады представляют собой цельностекольные витражи, легкие белые колонны подпирают козырек. 31 декабря 1965 года морской вокзал приступил к работе. Последние изменения во внешнем облике вокзала произошли в 1991 году, когда вокзал был отреставрирован итальянской строительной фирмой.
Сейчас морской вокзал Владивостока представляет собой административно-торговый комплекс, который осуществляет обслуживание судов и пассажиров, предлагает своим посетителям совершить приятные покупки и отдохнуть в развлекательном центре.