Церковь была построена в шестидесятых годах XIV века. Повелел её заложить посадник Семён Андреевич. Долгое время она находилась на берегу Фёдоровского ручья и являлась приходской церковью для жителей Фёдоровой улицы. Ручей был засыпан во второй половине XX века, и сейчас о нём напоминает только название улицы.
Храм был выстроен в новгородском стиле зодчества тех веков, и на долгое время храм стал образцом для многих зодчих. К храму также относятся колокольня и небольшая пристройка из камня, которые были возведены в XVII веке.
Внешние стены храма богато украшены декоративными элементами, а внутренние стены — фресками и граффити. Фресковые изображения тоже принадлежат XIV веку, но сохранились они лишь частично — многое было скрыто побелкой. Фрески интересны тем, что напоминают настенные росписи Феофана Грека, а потому в них сильно влияние византийских традиций живописи.
На стенах церкви были обнаружены и интереснейшие граффити, часто шутливые: «Пойду бобром возле реки». В храме также были найдены потайные отделения для ценностей.