Храм возвышается на землях бывшего Зверин-Покровского монастыря. История строительства храма восходит к 1467 году — суровому году, в который свирепствовала чума. 250 562 человек умерло тогда от «Симеоновского» мора во всей Новгородской республике.
Однажды архиепископу Ионе привиделось, что построенный за один день храм должен защитить новгородцев. Ионе, пришедшему в своем видении в Зверин монастырь, явился сам Симеон-Богоприимец, наказавший построить храм в его честь. Горожане, чтобы спастись от страшной болезни, возвели храм за один день, 1 октября, на месте большого захоронения людей, умерших от чумы. Был он поначалу деревянный — в 1466 году.
Через год был выстроен каменный храм, по архитектуре четырехстолпный, двухэтажный, с одной апсидой и восьмискатной крышей, а на основании главы с крестом — небольшие окна с небогатым декором, как того требовал обычай. На стенах церкви в виде прекрасно сохранившихся фресок изображен календарь святых, который был призван помогать в поминании всех умерших от мора в тот год. Начинается календарь с Симеона Богоприимца, главного святого этой церкви, которого положено было поминать 1 сентября.