Ранее музей имел название «Новгородский музей древностей при Губернском статистическом комитете». Его основали в 1865 году, и открытие было приурочено к 1000-летию Российского государства.
В 20-х годах в Новгороде открывается несколько других музеев - Музей народного образования, Музей имени Л. Н. Толстого, Музей революции, Антирелигиозный музей и Новгородская картинная галерея, которые в 1929 году были объединены. После революции коллекции нового разросшегося музея пополнялись за счет национализации частного, церковного и имущества других частных музеев. В то же время до 1940-го года в музей стали поступать абсолютно все памятники искусства, архитектуры и истории Новгорода.
Во время войны благодаря сотрудникам музея большинство экспонатов удалось сохранить. В 1959 году, после проведенных мероприятий по возвращению утраченных в ходе войны экспонатов, этот музей был переформирован в Новгородский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник. Музей объединил и памятники архитектуры — новгородский Детинец, Ярославово дворище и другие. Часть построек, приписанных к музею-заповеднику, включена в список ЮНЕСКО.
Число экспонатов, находящихся в коллекции музея-заповедника, достигает 655 400 единиц. В музее вы можете увидеть экспозицию «История Новгорода и Новгородского края с древнейших времен и до наших дней», а также собрание икон Великого Новгорода. Привлечь посетителей может и коллекция предметов декоративно-прикладного искусства, ювелирная и нумизматическая коллекция, обширно представленные рукописные и старопечатные книги, картины XVIII-XX вв. и другие интереснейшие экспонаты.