Стоит этот монастырь на реке Веряже. Первое упоминание его относится к 1408 году — именно тогда приходит в монастырь святой Михаил Клопский. В 1412 году, как говорит новгородская летопись, построили на территории монастыря Троицкую церковь на Клопске, а уже в 1419 году на месте её возник каменный храм, сооруженный всего за 60 дней — очень короткий срок для того времени.
Троицкая церковь почти до самого конца XVI века была единственной каменной постройкой на территории монастыря. В XVI же веке монастырь стал обрастать другими каменными строениями в духе московских храмов более раннего периода — например, в 1562 году по летописи на мощах Михаила Клопского построили Троицкий собор, деньги на который выдал великий князь Иван Васильевич.
Собор обрел со временем новые приделы, к нему пристроили колокольню, но в XIX веке храм сильно перестроили — стал он пятиглавым, и в нем появились новые кельи и новая колокольня, подновились фрески на стенах.
Великая Отечественная война не пощадила храм и другие постройки монастыря, и в 1964-65 годах его законсервировали. Сейчас он продолжает восстанавливаться.