«Худым», то есть нехорошим считалось то место, на котором возвели монастырь. На землях правого берега Волхова обитали, по мнению людскому, злые силы.
Монах Варлаам, пришедший туда молиться, усердно возносил хвалы свои Господу, и привиделся Варлааму князь Ярослав, благословивший его. Тогда-то и построил Варлаам на месте этом келью и деревянный храм, а позже — храм каменный. Архиепископ Григорий освятил её 6 августа 1192 года. Но был тот храм разрушен, и построили в 1515 году там Спасо-Преображенский собр, ставший главной постройкой Хутынского монастыря.
С монастырем связана одна легенда: однажды Иван III приехал в монастырь и потребовал вскрыть гробницы со святыми мощами, но из могилы Варлаама при её раскопке поднялся столб огня. Посох Ивана III и дверь, опалённую святым огнём, хранят ризнице монастыря.
Также Хутынский монастырь знаменит тем, что именно там похоронен Г. Р. Державин.
Во время Великой Отечественной войны монастырь почти сровняли с землёй, но сейчас он восстановлен и превращен в действующий женский монастырь.