Звонница собора была построена в начале XV века, но уже в 1437 году, по сведениям из летописи, звонница упала в реку во время наводнения. Через два года после этого события архиепископ Евфимий II повелел строить новую на том же месте.
Как и большинство памятников архитектуры в Новгороде, звонницу постоянно перестраивали. Место её расположения не менялось — звонница и теперь стоит у восточной стены Новгородского кремля, защищённая его стенами. Вполне вероятно, что наряду с новгородскими зодчими в строительстве участвовали и приглашённые мастера из Западной Европы.
Изначально звонница была рассчитана на колокола небольшого размера, но в 1530—1540-х годах звонницу перестроили для более крупных колоколов. Через столетие при звоннице появился домик для сторожей, во время Великой Отечественной он был разрушен, но ныне стоит полностью восстановленный.
Сама звонница сейчас имеет облик, приданный ей строителями в XVIII веке, и колокола её звонят, как в былые время. На звоннице для посетителей есть смотровая площадка и выставка «Древние колокола Великого Новгорода».