История арбитражного суда в Новгородской области начинается еще в 1922 году, когда Центральным Исполнительным Комитетом и Советом Народных Комиссаров были образованы арбитражные комиссии.
Государственный арбитраж в Новгородской области был создан в 1944 году. По документам 1946 года в нем состояло пять человек, среди которых были главный арбитр, управляющий делами, референт, бухгалтер и уборщица.
В 1991 году существующая система была упразднена. В 1992 году были созданы областные арбитражные суды, в том числе и в Нижнем Новгороде. В 1995 году вышел новый Арбитражный процессуальный кодекс. Началась история современного арбитражного суда Новгородской области.
С годами судебная система становилась все более современной. Количество исков от предприятий росло с каждым годом. Нужно было срочно решать проблему нехватки помещений. Было принято решение об аренде еще одного здания, но это не помогло. В 2006 году все же утвердили проект о строительстве нового здания. В ноябре 2011 году прошло торжественное открытие. Арбитражный суд Новгородской области разместился на Большой Московской улице, за границей «старого города», что позволило создать современную инфраструктуру перед зданием суда.