Музей истории города был создан в декабре 1999 года, после Постановления Администрации Улан-Удэ. Летом следующего года музей начал свою работу в доме по улице Свердлова.
В марте 2001 года мэр выделяет для музея дом, где некогда жил купец Иван Флегонтович Голдобин. В течении трёх лет здесь идут восстановительные работы, которые помогли вернуть исторический вид помещениям строения.
Купец приобрёл эту усадьбу в 1879 году. После чего по чертежам архитектора Н.А. Паув, она была перестроена. На следующий год перестройка затронула надворные строения. В 1888 году к усадьбе пристраиваются небольшой деревянный дом, флигель из камня и водочный завод, который не сохранился до настоящего времени.
Интересен тот факт, что в 1891 года в этом доме останавливался сам наследник престола — Николай II, который в то время возвращался в Санкт-Петербург из кругосветного путешествия.
После того как в стране произошла Великая Октябрьская революция, дом реквизировали. Это решение приняли депутаты Совета рабочих, крестьян и солдат. После этого здесь размещались несколько учреждений, а на протяжении некоторого времени помещения использовались как жилые.
В настоящее время здесь располагается музей, где выставлены экспозиции, рассказывающие об истории города с момента его основания.