Никольскую церковь перестраивали много раз. Изначально она была построена из дерева (год создания неизвестен до сих пор), в честь Николая Святого. После пожара чудесным образом удалось спасти святочтимую икону, посвященную Чудотворцу. Легенда гласит, что братья Оксеновы, работавшие мастерами по камню во времена правителя Иоанна, перенесли ее из города Новгород в Торжок, пожертвовав Никольской церкви. Там ее очень сильно чтили местные прихожане.
Новую постройку, после перенесенного бедствия возвели уже в другом месте: возле реки Тверца. Она тоже была сделана из дерева. Потом ее перенесли в район Христорождественского кладбища во время его представления народу.
Ближе к концу 18 века построили церковь из камня, присоединив дополнительную часть. Безсребрянники лекари Козьма и Дамиан - это люди в честь которых ее назвали. В середине 19 века религиозное здание расстроили и там устроили 2 придела.
В советском союзе памятник архитектуры закрыли. Колокольня была разобрана, венчания снесены. Храм использовали, как склад для хранения соли. Во времена Ельцина ее вернули православным для проведения богослужений.