Здание железнодорожного вокзала «Томск-2» построено в конце девятнадцатого века и изначально было деревянным. Станция первоначально называлась «Томск» и являлась основными железнодорожными воротами в город. Но позже жители города чаще стали пользоваться станцией «Межениновка», которая была ближе к центру города. Это послужило тому, что в 1909 году станции переименовали. Вокзал «Томск» стал называться «Томск-2», а «Межениновка» получила название «Томск-1».
Современное кирпичное здание вокзала было возведено в 1997 году.
На станции «Томск-2» находятся две платформы — основная и боковая, также здесь расположено вагонное и локомотивное депо.С железнодорожного вокзала «Томск-2» отправляются поезда во многие города России, в том числе в Красноярск и Белый Яр.Со станции «Томск-2» проложены линии до станций «Томск-Товарный» и «Северск».
К заводу «Сибкабель» также проходит подъездной путь.