Перевозками пассажиров занимается большое предприятие ОАО «Томскавтотранс», в составе которого трудятся около 50 человек. Осуществляет предприятие перевозку жителей и гостей города в близлежащие поселки и города Новосибирской, Томской, Кемеровской областей, Красноярского и Алтайского края. Автотранспорт данного предприятия оборудован в соответствии с современными европейскими требованиями, обеспечивает пассажирам комфортабельное пребывание, безопасность в дороге и удобство. Перевозки производят водители высокого класса.
С 15 мая 2014 года перевозка с автовокзала города по междугородним маршрутам производится при наличии документа, подтверждающего личность пассажира, купившего билет.
Пассажиры могут приобрести билеты на автобусы, выходящие из автовокзала Томска, через сайт. При этом необходимо знать, что сбор за услуги сайта составляет 6,5% от стоимости билета, плюс оплате за перевод денег. Билет подлежит возврату в кассах автовокзала, или его можно вернуть также воспользовавшись услугами этого сайта.
Город имеет три выхода в соседние районы. Через Томск проходит автомобильная дорога Р 400, имеющая региональное значения, соединяет Томск с Мариинском (восточное направление). Также к Томску подходит ветвь федеральной автомобильной дороги Р 255 (М53), идущая от Новосибирска на север (южное направление). Дорога, имеющая региональное значение Р 398, проходит по Томску, соединяя его на севере с Колпашевом (западное направление).