Свое название церковь получила из-за своего местоположения — на Воскресенской горе. Изначально, как и все церкви, была деревянной, но впоследствии, из-за частых пожаров храм было решено перестроить. Первый камень заложили в 1789 году. Строительство завершилось в 1807 году. Здание оформлено в стиле сибирского барокко.
В советское время из храма была изъята большая часть драгоценного имущества, а затем снят и переплавлен колокол. Церковь несколько раз открывали и закрывали, и даже пытались снести. В здании располагалось общежитие, гараж, склад для зерна. В 90-е годы проходила реставрация церкви, и к 2004 году была полностью восстановлена и введена в эксплуатацию.