Мемориальный музей Следственная тюрьма НКВД, который является одним из подразделений ТОКМ, был открыт в 1989 году. Несмотря на то, что музей является относительно новым, он уже успел стать знаменитым как в России, так и зарубежом.
Экспозиции музея находятся в подвальном помещении на пр. Ленина 44. Именно в этом здании с 1923 по 1944 год располагалась внутренняя тюрьма Томского отдела НКВД. Стоит отметить, что прилегающая территория ранее служила двором для тюрьмы, где сейчас располагается Сквер Памяти.
На сегодняшний день здесь существует единый исторический мемориальный комплекс, который включает музей и Сквер. Постоянная экспозиция состоит из отреставрированного тюремного коридора, камеры для заключенных и кабинета следователя того времени. Кроме того в музее имеются скульптурные композиции и стенды с биографическими материалами и документами следственных дел, фотоальбомами, картинами и т. д. Все это было в свое время изготовлено в лагерях и ссылках.
Стоит отметить, что в мемориальном музее также ведет свою деятельность выставочный зал, в котором регулярно проводятся тематические выставки, презентации, собрания краеведов и другие мероприятия подобного характера. При музее функционирует библиотека, в которой хранятся архивы о тяжелых временах российской истории.
Также музей активно реализует совместные проекты по увековечиванию памяти жертв политических репрессий с различными сообществами Томска, архивами, Международными организациями и другими государственными объединениями.