Музей истории Томска был создан 16 июля 1997 года. Стоит отметить, что музей находится в здании, где ранее находилась Воскресенская частная полицейская управа.
Перед открытием музея велись длительные исследовательские работы и 7 июня 2003 года в торжественной обстановке при содействии местных властей музей открыл свои двери для гостей. Первой экспозицией музея истории являлась временная коллекция «Портрет старого Томска».
Однако уже к четырехсотлетию Томска была организованна постоянная экспозиция «Первый век Томска». В том же 2004 г., на прилежащей территории осуществилась реконструкция Спасской башни второй Томской крепости 1648 г. А в 2006 году на одной из смотровых площадок музея истории Томска был возведен манекен пожарного Афанасия.
Уже к 2010 г. постоянная экспозиция была увеличена: добавились разделы, которые посвящены быту крестьян, религии и торговой деятельности.
Новый зал под названием "Купеческая гостиная XIX - нач. XX вв." был создан в музее в 2011 году, где был представлен быт купечества города Томска.
Стоит отметить, что на данный момент музей истории приобретает все новые и новые экспонаты, пополняя свой богатый фонд. Также музей занимается организацией разнообразных выставок, удивляющих гостей города и местных жителей своей уникальностью и оригинальностью идей.