Музей археологии и этнографии Сибири был создан 6 декабря 1882 года - в день празднования 300-летия присоединения Сибири к России. Основателем музея считается строитель Сибирского университета профессор В.М. Флоринский. В день открытия культурного учреждения, один из томских предпринимателей подарил музею первую масштабную археологическую коллекцию «тобольских древностей». Дальнейшие музейные собрания вплоть до начала 1920 организовывались из частных пожертвований представителей разных слоев населения Сибири , из коллекций расформированных музеев и отдельных приобретений университета. К советскому периоду фонд музея насчитывал порядка 300 тысяч объектов.
Здесь находятся собрания по археологии, этнографии, истории, нумизматике, бонистике, медалистике, декоративно-прикладному искусству и другим не менее интересным сферам. Многие экспонаты являются авторскими произведениями мастеров, работавших много тысячелетий до нашей эры. Этнографические собрания музея состоят из коллекций собранных у 20 народов мира.
Стоит отметить, что музей проводит активную научно-исследовательскую, учебную и просветительскую деятельность. Его сотрудники участвуют в организации различных конференций.
Выездные выставки Музея известны жителям 10 городов Сибири.
В 2002 г. музей отпраздновал своё 120-летие и на сегодняшний день музей археологии и этнографии Сибири — это крупнейший вузовский музей азиатской части России.