Богородице-Алексеевский монастырь, который осуществляет свою деятельность в юрисдикции Томской епархии, был возведен в 1605 году. Однако есть сведения о том, что годом открытия является 1622.
С 1630 по 1650 год Богородицкий монастырь располагался у истоков реки Киргизки. В 1663 году церковь была освящена во имя св. Алексея и стала называться Богородице-Алексеевской
В монастыре находилось главное управление всеми сибирскими церквами, которые входили в Томский разряд. Вплоть до 1764 года Богородице-Алексеевский монастырь был единственным, который обладал более чем 400 крепостными крестьянами, а также крупными земельными угодьями.
Стоит отметить, что в XVII веке при монастыре было открыто лечебное учреждение, а в 1746 году было открыто Томское русское духовное училище, первое среди подобных на Урале. Также с 1858 года здесь функционировала духовная семинария с библиотекой. Кроме того, церковное учреждение было местом ссылки религиозных нарушителей и светских лиц.
Главным храмом здесь является Казанская церковь, которая включает приделы в честь Алексия и святых Флора и Лавра. Первоначально строение было деревянным, потому неоднократно сгорала во время пожаров. Однако уже в 1789 году было возведено каменное здание, выполненное в стиле сибирского барокко. Также в церкви располагался уникальный образ Божией матери, наиболее почитаемый в Сибири.
С 1992 года в церкви начинает вестись регулярное богослужение. В 2010 году в одном из корпусов монастыря была освящена церковь Трех святителей, где был расположен мраморный иконостас. Стоит отметить, что сам интерьер монастыря выполнен в византийском стиле.