Здание томской синагоги было построено в 1850 году и просуществовало полвека. Спустя время, в 1902 году на ее месте возвели каменную двухэтажную постройку.
Во времена правления советской власти, религиозная организация закрылась, а в ее помещениях, в разные периоды, располагались кинотеатр, военное училище и суд. Молельню вернули еврейскому народу в конце 90-х годов, на тот момент обветшалому сооружению требовался капитальный ремонт.
В 2010 году состоялась церемония открытия обновленного молельного дома, с приглашенными почетными гостями и проведением священных обрядов. На сегодняшний день внутри функционирует также детский сад, столовая и школа.