Станция Тюмень предоставляет собой один из железнодорожных узлов Транссибирской магистрали. От Транссиба тут идут линии в направлении Сургута, Тобольска и Нижневартовска. Вокзал Тобольска возвели в 1885 году, реконструкция проводилась еще в 1974 году.
В Тобольске старое здание автовокзала было построено в 1959 году и располагалось возле переправы через реку Иртыш. Это было удобно тем, что основной пассажиропоток следовал в сторону Тюмени и Вагайского района. Новый автовокзал был сдан в эксплуатацию в 1965 году. Он намного просторнее старого, расположен на расстоянии 100 м от него. Автовокзал в Тобольске в 1965 году был привязан к переправе через реку Иртыш. Обслуживает маршрутную сеть всего города, междугородние и пригородные маршруты ОАО «Тобольское ПАТП».
Аэропорт Ремезов находится в Тобольске. В нем работает кафе, где можно провести время, ожидая свой рейс. Также есть магазин с подарками и сувенирами, которые можно купить и привезти близким. Для пассажиров оборудована парковка, на которой можно оставить машину как на длительный срок, так и на краткосрочный.
Аэропорт «Тобольск» является аэропортом местных авиалиний в Тюменской области. Он связывает город с северными населенными пунктами области. Используется как вертолётная площадка, так как взлетно-посадочная полоса не пригодна для обслуживания самолетов. По техническим показателям взлетно-посадочная полоса может принимать самолеты Як-40, Ан-32, Л-410, Ан-24 и вертолеты всех типов. Правительство Тюменской области сообщает, что авиасообщение в городе будет налажено к 2016 году.