В 1870 году, благодаря стараниям Ивана Николаевича Юшкова, который был знатоком истории края, основали музей истории и архитектуры города. Более 300 экспонатов насчитывалось в то время, пока музеем руководил Юшков. Сначала музей располагался на территории Губернского комитета по статистике, но спустя 16 лет, в 1886 году было принято решение построить отдельное здание.
Сам цесаревич Николай взял покровительство над музеем с 1891 года, а в 1893 году музей стал выпускать издание «Ежегодник», где печатались исследования, касающиеся истории края.
С 1925 года, после революции, музей стал находиться в здании Архиерейского дома, который входит в состав Тобольского кремля.
С 1961 года данный музей приобрел статус Государственного музея-заповедника, а в 1995 году музей по приказу Президента РФ включили в перечень объектов культурного наследия страны, где собрана большая история Сибири.
Сегодня можно посетить музей практически в любое время и увидеть более 300 тысяч экспонатов, которые относятся к старинным книгам и рукописям, фотоколлекции, предметы царской семьи, предметы этнографии, палеонтологии и археологии. Это один из самых исторических музеев в Сибири.