В 7-6 вв до н.э. На месте нынешнего Таганрога находилось греческое поселение, которое сейчас полностью размыто морем. Предполагают, что это поселение называлось Кремны и было разрушено от набегов кочевых скифов.
В 1696 году после того, как был взят Азов, Петр1 распорядился начать строительство гавани и крепости на Таганьем Роге. Дату 12 сентября 1698 года было принято считать моментом основания города Таганрога, который первоначально назывался Троик на Таган-Роге. Руководил строительством гавани Матвей Симонт, а первый план крепости составил Эрнст Фридрих Боргсдорф, австрийский инженер.
Крепость окружал земляной вал высотой 8 м, ров глубиной 5 м, общая протяженность крепости составляла 3 км.
Крепость была оснащена пушками и гаубицами и многочисленными пороховыми погребами. Внутри крепость представляла собой: государев двор, городские палаты, Троицкую церковь, дома для простых людей, кабаки, склады, базары, колодцы.
В августе 1696 года Приазовье становится крупнейшим в России местом ссылки «на вечное житье». Там же появилась первая в России каторга, центром которой стал Таганрог. В ссылку отправляли чиновников, духовных лиц, выходцев из дворянства, а также пленных турков и татар. В связи с началом Северной войны большую группу составляли шведы и жители Прибалтики, а также казаки Слободской Украины.
В честь окончания строительства гавани в 1709 году Петр1 издал приказ изготовить памятную медаль, которая была овальной формы. На лицевой стороне медали было изображение Петра1, а на оборотной изображен план крепости и гавани Таганрога и надпись «За дело гавани капитану Матвею Симонову».
В 1736 году в ходе русско-турецкой войны Азов был взят, Таганрог также отошел к России, восстановление крепости сразу приняло обороты.
В итоге, только после победоносной войны 1768 — 1744 г. крепость стала частью России окончательно. Гавань стала базой для организации Азовской флотилии.
Уже к концу 1771 года адмирал А.Н. Сенявин командовал уже 21 кораблем с 450 орудиями и 3300 членами экипажей. Азовская флотилия участвовала во взятии Перекопа и крепостей Керчь и Ени-Кале. В том же 1771 году Азовская флотилия перебазировалась из Таганрога в Керчь, строительство военных кораблей перенесено в Херсон. Таганрог стал купеческим портовым городом.
В связи с основанием в 1783 году города Севастополя Таганрог потерял свое военно-стратегическое значение и стал крупнейшим портом России.