Кафедра зоологии в Куйбышевском (бывшее название Самары) педагогическом институте была открыта в 1929 году, после чего сразу же началось коллекционирование зоологического материала. Первым завкафедрой был внесен неоценимый вклад в зоологический музей и были найдены уникальные экспонаты. Внимание большинства сотрудников кафедры было направлено на то, чтобы собрать все виды позвоночных животных. Преподаватели изготовляли и покупали на свои средства чучела различных животных, проживающих на территории России. Найденные материалы преподаватели складировали либо в шкаф, либо в стеклянные витрины. Кафедра наняла нового сотрудника в свой штат — это специалист по чучелам. Все дальнейшее время фонды музея очень часто пополнялись, благодаря трудам профессоров и преподавателей кафедры зоологии. Позже, в годы Великой Отечественной войны, весь институт переехал в здание школы и при переезде и в ходе непредвиденных обстоятельств большая часть экспонатов была потеряна. Вследствие чего музей был ликвидирован. К 1955 году от всей коллекции музея остались лишь единицы. Музей «пошел на поправку» после 1955 года, когда кафедру возглавил Д.Н. Флоров. Он предложил восстановить музей.
После тех попыток музей до сих пор располагается в здании Самарского педагогического университета. 5 лет профессора и преподаватели собирали и восстанавливали растерянные экспонаты и к 1960 году музей был вновь открыт. В 1972 году музей переезжает в другой корпус университета, в новое здание. Там под музей отведено 280 кв.м. В настоящее время музей сотрудничает с другими краевыми и частными музеями.