Село Пушкино было основано в 1499 году знатным боярином Григорием Александровичем Морхининым, носившим прозвище Пушка (он был предком знаменитого русского писателя Александра Сергеевича Пушкина). Ему принадлежали земли вдоль реки Уче, где позже и возникло село. По одним данным название села произошло именно от прозвища боярина. Другие источники утверждают, что название села произошло от название реки Уча – «Поучка», которое позже трансформировалось в «Поушка», а затем в «Пушкино».
В конце XV века село перешло в ведение церкви. Благодаря тому, что располагалось село на торговом пути, население его постоянно росло, равно как и доходы жителей. За сто лет, начиная со второй половины XVIII века и до середины XIX века Пушкино превратилось в крупнейший производственный центр. Здесь производили шелковые платки, шерстяное сукно, изделия из меди.
Со второй половины XIX века в Пушкино набирает обороты дачное строительство. Многие знаменитости того времени любили отдыхать в этих чудесных местах. В разные годы в Пушкино отдыхали Ф.И. Тютчев, К.С. Станиславский, В.В. Маяковский, семья Гагариных.
Примерно в это же время население Пушкино растет с невероятной скоростью. За 9 лет с 1890 по 1899 годы оно увеличилось на 396 человек.
В справочнике 1912 год можно найти упоминание не об одном населенном пункте, а о двух разных. Село Пушкино представляло собой один из населенных пунктов и располагалось в 27 км от Москвы. Отдельно выделяли еще и дачное поселение «Пушкино». Непосредственно в селе было довольно много различных производств и социальных заведений:
17 августа 1925 года Пушкино получил статус города. В его состав вошло дачное поселение и часть села Пушкино. Позже, в 1929 году город Пушкино стал районным центром. В состав района вошли близлежащие поселки и поселения, такие как Путиловская, Софринская, Пушкинская волости, части Щелковской и Хотьковской волостей. В этом же году пустили первый электропоезд, который связал город Пушкино с Москвой. В 1928 году в городе был создан звероводческий совхоз.
Во время Великой Отечественной Войны на территории района была создана отдельная мотострелковая бригада особого назначения, тысячи жителей участвовали в строительстве оборонительных укреплений.
Начиная с 1950-х годов в городе высокими темпами ведется строительство, застраивается Московский проспект, строятся микрорайоны «Серебрянка», «Дзержинец», «Арманд», спортивные объекты, гостиницы, учебные учреждения, больницы.
Постепенно Пушкино становится оживленным пригородом столицы. Несмотря на разные производства, которые находятся в городе, основным направлением его деятельности остается лесная наука. На территории города находятся многочисленные организации, которые занимаются изучением и сохранением лесов. Это и Центральная лесосеменная база, и Центральная база охраны лесов от пожаров, и Научно-исследовательский институт лесоводства, на территории которого находится дендропарк с громадной коллекцией кустарников, деревьев, собранных со всей страны.
Вначале XXI века к территории города Пушкино присоединились территории поселков Ветлечебница, Заветы Ильича, Моспроспект, Санаторно-лесной школы, села Звягино и некоторых других.
В 2005 году было образовано городское поселение Пушкино, в состав которого на сегодняшний день входит 1 населенный пункт – город Пушкино.