В городе Пущино нет собственного аэропорта, ближайший расположен в 67 километрах от него, московский аэропорт Домодедово. Московский аэропорт Домодедово – один и трех портов Москвы – входит в число крупнейших в России. Объем пассажироперевозок здесь оценивается более чем в 30 млн человек ежегодно, поддерживаются 167 постоянных рейсов по России и странам ближнего и дальнего зарубежья. На территории аэровокзала функционирует несколько терминалов.
Терминалы аэровокзала расположены на трассе А-105, что обеспечивает удобную транспортную связь. Приехать в аэропорт можно на экспресс-автобусе №308 из Москвы и на автобусе №30 из г. Домодедово, также на маршрутках и такси. Добраться сюда можно также на аэроэкспрессе с Павелецкого вокзала. Расписание поездов можно посмотреть на сайте Аэроэкспресса и на сайте аэропорта.
В настоящее время аэропорт Домодедово включает в себя все возможные сервисы, функционирующие на международном уровне, от магазинов Duty Free и детских комнат до программ бизнес-сопровождения важных пассажиров. Можно обратить внимание также на архитектуру нового терминала, который выполнен в футуристичном стиле.