Свою непосредственную деятельность Арбитражный суд Республики Карелия начал ноябре 1991 года. У слову, именно на этот год приходится создание арбитражных судов в большинстве республик.
На момент создания данного судебной отрасли, в его аппарате числилось не более 30 сотрудников. Что касается наших дней, то сейчас вопросами разрешения конфликтных ситуаций занимаются свыше 90 человека, а 32 из них являются судьями, отмеченным множеством наград.
Долгие годы, а именно впредь до 2004 года, Арбитражный суд Республики Карелия занимался также рассмотрим делом апелляционной инстанции. Но после того, как был сформирован Апелляционный суд в городе Санкт-Петербургу, с карельского арбитража сняли такие полномочия. Стоит отметить, что в связи со значительной разгрузкой судебной работы, качество рассмотренных и принятых к рассмотрению дел улучшилось в несколько раз.
В 1995 году суд переехал на ул. Красноармейскую, что на некоторое время значительно осложнило текущую судебную деятельность.
Главным председателем Арбитражного суда Республики Карелия является Маркин Сергей Федорович, человек, имеющий звание "Заслуженного судьи Российской Федерации".