Так как город был назван во имя двух святых — Петра и Павла, то и нахождение в нём храма освящённого в их имя вполне закономерно.
История храма начинается в 1740 году, в то время, когда Чириков Алексей пожертвовал для посёлка, находящегося на берегу Авачинской губы походную церковь, обустроенную в палатке и освящённую во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Чуть позднее для неё было выстроено небольшое деревянное здание. Но уже в 1766 году, основываясь на том, что в этом районе жителей было довольно мало, сооружение перенесли к реке Паратунка. А в 1810 году церковь была повторно освящена, но уже во имя святых Петра и Павла. А через четыре года, подстроенный придел освящают во имя Пресвятой Богородицы. Однако из-за погодных условий и качестве материалов очень скоро вся церковь пришла в абсолютную непригодность.
Новое здание построили в 1826 году, и почти сразу церковь начинают многократно реконструировать, перестраивать и обновлять, однако местоположение остаётся прежним. В 1834 году фасад церкви покрывают железом а вокруг стоят несколько жилых домов для духовных лиц.
После прихода советской власти церковь постигла та же участь, как и абсолютное большинство храмов на территории государства. Конфисковав все ценности их Петропакловской церкви, её закрывают, а позднее и вовсе используют как кинотеатр.
В середине века при сносе здания была сделана интересная находка — в тайнике было обнаружено Евангелие в старинном золотом окладе.
Восстановление храма произошло только к 1992 году. Однако до этого стройку четырежды арестовывали и мешали благому делу.