Создан в Перми в 2009 году. Организован для обновления культурного наследия, помощь в развитии современной культуры. Создатели считают, что коллекция музея должна стать бесценным капиталом города.
Музей современного искусства был основан, как логическое продолжение ставшей популярной выставки «Русское бедное». В этом музею помогла администрация края, сенатор Сергей Гордеев и московский галерист Марат Гельман.
Музею было передано здание Речного вокзала. По замыслу организаторов учреждение станет «мотором» для непрерывного развития культуры города. Современная тенденция использования старых помещений вокзалов и аэропортов под музеи современного искусства, замеченная в Европе, отразилась и в городе Пермь. Это нестандартное решение поможет любителям современных художников и скульпторов ознакомиться с интересными экспонатами и полностью погрузиться в современное видение мира под призмой фантасмагории.
С начала работы музея и по июнь 2013 года музеем ПЕРММ управлял Марат Гельман, занимавший пост директора. Но из-за череды скандалов, основатели музея решили уволить его с этого поста, не ссылаясь на причины.
Пермский музей современного искусства находится на балансе Пермского края и финансируется из бюджета региона. Поэтому жители города и области активно критикуют политику расходования денежных активов на нужды ПЕРММ.
Многие жители города так же негативно относятся к тому, что за столь недолгое время музей уже начал влиять и управлять всеми сферами жизни Перми.