История п.г.т. Партенит уходит в глубину веков. Известно, что на территории Партенитской долины жили люди еще с каменного века. Об этом свидетельствует археологические раскопки – раннепалеотические орудия, а также существует подтверждение, что в эпоху бронзы, в период неолита и в античные времена здесь формировались большие поселения.
В период III столетия на территорию Крымского полуострова наступали племена готов, которые вытеснили селения скифов в сторону северного направления. В средние века в долине вырастает город Партенион с многочисленным населением. Название в переводе с греческого означает «город Девы». В городе находилась гавань, где останавливались корабли из всего Средиземноморья или городов Крыма.
Готами было принято христианство. Центром своей епархии они сделал Партенион в VIII столетии. На этой земле родился святой Иоанн Готский, который знаменит своей работой при создании Никейского вселенского собора, что возродил иконопочетание. В 787 году им было возглавлено восстание против хазарских захватчиков, которые вошли не земли Готии. Но Иоанну не удалось осуществить задуманное, и, попав в плен, он умер в изгнании. Тело святого было переправлено в Партенит, где его похоронили в соборе святых Петра и Павла. Хазары же после восстания не пожалели старания и труды Иоанна Готского и разрушили собор и часть города Партенит.
Не смотря на захваты и частые боевые действия, город быстро отстраивается. Он является центром среди соседних селений, выполняя политические и экономические функции. Как утверждает археолог Паршин, с Х столетия Партениту вполне приемлемо современное название «город». Исходя из материалов устава генуэзских колоний, в Партените функционировало консульство.
Монастырь святого Петра и Павла в полной мере так и не был восстановлен с ее былым величием и красотой. Над храмом взял опеку приемник Иоанна Готского митрополит Дамиан. Но и восстановленное сооружение не долго радовало местное население, так как при нашествии османов-турок храм вновь был разрушен. Во время правления Турецкой империи Партенит относился к деревням Мангупского кадалыка.
После подписания Манифеста Екатерины II, когда Крымский полуостров вошел в состав России, Партенит часто менял своих хозяев. В XIX столетии долина достается семейству Раевских, которые взялись возобновлять забытое ремесло Партенита – виноградарство. Тогда на склонах горы Аюдаг было найдено руины храма Святых Апостолов. В 1869 году силами имения Раевских (семья, с которой дружил А.С. Пушкин), было проложено дорогу по склонам Аюдага поверх старой, давно забытой дороги. Обнаружив остатки большого каменного храма, управляющий имения приказал разобрать его на камни и разбирал до того времени, пока не обнаружил капитель византийской работы из мрамора. Такая скульптура заинтересовала его и он решил продолжить раскопки. Как оказалось, это было место известного храма. Из его украшений удалось сохранить колонку из камня, остатки разнообразных карнизов и пару капителей из мрамора.
В 1941 году из Партенита было призвано 286 человек на фронт, 87 из которых погибли во время проведения военных операций.
После окончания Великой Отечественной город потерял прежнее название – эпохе великий перемен оно казалось несозвучным. Поэтому город получил новое название - Фрунзенское. Во время независимости Украины городу вернули прежнее название – с 1991 года он снова стал величаться Партенит. В 1996 году на одном из склонов Аюдага святому Иоанну Готскому было сооружено памятник.
Несмотря на такую многовековую историю, город считается молодым. Отдых в этом месте - один из самых престижных в Крыму. В городе отлично развита туристическая инфраструктура, здесь функционируют две популярные здравицы – Дом отдыха «Айвазовское» и не менее популярный Территориальный центр реабилитации и курортологии «Крым».