Здание вокзала находится в северной части города, на пересечении улицы Вокзальной и Загородного проспекта. Оно оборудовано кассами, где пассажиры могут купить или забронировать билеты на пригородные поезда, которые курсируют по Архангельской области. Станция «Онега» не имеет прямого сообщения с Архангельском, но является частью Северной железной дороги. Проходящий через станцию участок железнодорожной магистрали не электрифицирован, поэтому здесь курсируют поезда исключительно на тепловозной тяге. Из города можно добраться до Кодино, Вонгуды, Костринского Ручья и других населенных пунктов области. Чтобы доехать на поезде до административного центра, необходимо сделать пересадку на станции «Обзерской». Через железнодорожную станцию «Онега» ежедневно проходит два состава по направлению на «Малошуйку» и «Обозерскую». Зимнее расписание пригородных поездов отличается от летнего. Информацию о прибытии состава можно уточнить в кассе вокзала или на информационных стендах в вестибюле. Здесь же висит сезонное расписание. Пассажиры могут воспользоваться небольшим залом ожидания. На вокзале работает медпункт.