В сентябре 1933 года при ТЮЗе организовали студию кукольников.
1 мая 1934 года премьерным спектаклем «Петрушка в гостях у школьников» торжественно открыли первый театральный сезон.
Независимой творческой организацией театр стал в 1936 году. Руководил театром режиссёр и артист В. Виноградов до 1952 года с перерывом на военное время.
На сегодняшний день в труппу Новосибирского областного театра входят профессиональные актёры. Это выпускники Новосибирского театрального училища Новосибирского театрального училища, ярославских, ленинградских и московских ВУЗов.
На данный момент театр насчитывает двадцать восемь постановок, являющих собой кукольную классику и произведения современных авторов. Особенное место в программе спектаклей занимают представления по произведениям мировой литературы.
Новосибирский областной театр Кукол занимается благотворительностью, направленную на детей. Коллектив театра регулярно показывает спектакли для деток из многодетных семей, детей с ограниченными возможностями, воспитанников детских домов.