В Новосибирске располагается еще один ведущий филиал в Западной Сибири - «Микрохирургия глаза». Сегодня центр имеет современную высокотехнологическую диагностику, консультативную и лечебную базу, оснащенную самым эффективным оборудованием, который позволяет проводить до 150 операций ежедневно.
В структуре филиала в Новосибирске тринадцать отделений по разным специализациям по лечению всевозможных заболеваний глаз, так как: глаукома, катаракта, коррекция, рефлакционная хирургия, офтальмологические детские заболевания. В настоящее время в работу внедряются новые инновационные технологии в лечении глаз.
В МНТК успешно проводится процесс телевизионной медицины, которая позволяет удаленно наблюдать за ходом различного рода операции. Также успешно работает электронная программа по контролю обеспечения пациентов четкой информацией о истории болезни, об оказании услуг и прочее.