В послевоенное время, когда появилось огромное количество инвалидов, возникла необходимость их реабилитации. В 1946 году в Новосибирске в здании, где во время войны располагался госпиталь, был создан институт, который должен был заниматься восстановлением раненых. Работники госпиталя стали сотрудниками института.
Первые десять лет медицинское учреждение практикуется на помощи пострадавшим на войне. Для научной деятельности тогда было недостаточно диагностической и лабораторной аппаратуры.
Следующие десять лет институт занимается подготовкой квалифицированных травматологов-ортопедов и начинает заниматься научными исследованиями.
Со временем в НИИТО им. Цивьяна появляются различные направления и развивается научная деятельность. В конце 20 века появляется лучевая диагностика, оборудование для эндоскопии, лабораторная техника, позволяющая выступать лидером в области вертебрологии.
Сертификат на оказание травматологической, нейрохирургической и ортопедической помощи среди детей и взрослых получен НИИТО в 2004 году.
В настоящее время в институте применяются эффективные методы лечения позвоночника хирургическим путем.