Долгое время музей, который сейчас считается музеем реки Обь, был краеведческим. История его началась в 1982 году, когда был основан общественный музей Нефтеюганска. В 1989 году он был преобразован в краеведческий, а через год в его здании стал располагаться и художественный салон. С тех пор музей принимал участие во многочисленных конкурсах., периодически выигрывая награды. В 1997 году музею был дан грант Дома союзов, что послужило толчком к преобразованию музея из краеведческого в музей реки Обь. И до этого музей занимался просвещением молодёжи, организовывал экскурсии, но теперь это стало одной из приоритетных задач.
Начались научные исследования по выявлению специфики водного бассейна реки Обь, силами музея стал организовываться водный туризм. Благодаря всему этому в 2001 году музей был награждён за свою деятельность и стал одним из лучших провинциальных музеев России. В 2002 году музей окончательно сменил название на то, что имеется сейчас. Через пять лет в его ведомстве появилась художественная галерея «Метаморфоза». Сейчас в фондах музея более 35 тысяч экспонатов, и музейные сотрудники ведут активную научную и просветительскую деятельность.