В Майкопе в конце XIX века уже стояли две церкви, но для многих расположение их было неудобным, и в феврале 1881 года жители города решили строить новую церковь. Поручили это дело коллежскому асессору Г. А. Коваленко, который начал собирать на церковь деньги. Прихожане стали строить сами и на свои деньги, но вскоре строительство запретили, так как архиерей не дал благословение.
В июне 1882 года строительство было продолжено, но вскоре иссякли средства, и церковь оказалась опять недостроенной. Так, с многочисленными остановками, церковь достроили и расписали только к марту 1889 года. При церкви вскоре открыли приходскую школу. Незадолго до Великой Отечественной войны церковь закрыли, а колокольню разрушили.
В здании церкви был склад. В 1942 году во время фашистской оккупации церковь решили открыть, и с тех самых пор она является действующей. В 1994 году церковь стала собором, при ней появилась православная гимназия, расширились внутренние помещения. Собор сейчас полностью отреставрирован.