Церковь, освящённая во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова была построена в 1687 году в Костроме. Неподалёку от Ипатьевского монастыря она расположена на улице Евгения Осетрова.
На этом месте за последние полвека стояло несколько церквей. Первая, построенная из дерева, была выстроена в 1562 году. Однако в 1680 году произошёл пожар и вся церковь сгорела дотла. Новый храм начали возводить на следующий же год. Работы благословил Патриарх Иоаким. По плану новая церковь должна была быть намного больше утраченной, потому под строительство выделили ещё и землю, где до пожара стоял храм Николая Чудотворца. Строительство было закончено за 6 лет и в конце 1687 церковь освятил архимандрит Феодосий.
XVIII век стал для церкви временем кардинальных изменений. К главному объёму здания пристраивают приделы в честь Николая Чудотворца и Феодоровской иконы Божией Матери. А позже был выстроен высокий забор из камня вокруг церковного кладбища.
В начале прошлого века эти две пристройки полностью разбирают и строят два новых придела. Все работы были завершены уже в 1903 году.
Интересно, что не смотря на власть, которая не терпит религии, церковь Иоанна Богослова продолжала работать вплоть до 1949 года. Только тогда храм был закрыт на реставрацию.
Костромская научно-реставрационная мастерская проводила в этом здании работы по реконструкции целых 11 лет, в 1960 году здесь разместилась часть экспозиции историко-архитектурного музея Костромы. Храм передали обратно епархии только в 2005 году, после того как продолжительное время здесь размещалась община Ипатьевского монастыря.