Этот монастырь насчитывает уже несколько сотен лен. Даже есть легенда, будто бы он был заложен в 1330 году. Согласно ней основателем святыни был вельможа Золотой Орды. В то время, когда он ехал с востока в Москву, на его пути была красивая дубровая роща, в которой и остановился татарский мурза Чет. В этом месте ему было видение, в котором Божья Матерь, священномученик Ипатий и апостол Филипп исцелили его от болезни. После этого, за довольно короткий срок посреди рощи была возведена церковь, в благодарность за исцеление. Действительно, это практически уникальный случай, когда в строительстве православных русских монастырей принимает участие приверженец другой веры.
По другой версии, время основания Ипатьевского монастыря это середина XIII века.
В начале прошлого века, когда паломники приезжали сюда на поклон, они оказывались под властью сильного впечатления. Стены монастыря были высокими, вокруг стояли дозорные и бойничные башни, которые придавали обители довольно внушительный вид.
В 1913 году здесь провели капитальный ремонт в честь празднования трёхсотлетнего юбилея празднования рода Романовых.
После великой Октябрьской революции, когда новая власть изымала у церквей имущество в пользу голодающих, отсюда было вывезено почти 215 килограмм золота и серебра, которые составляли кресты, подсвечники, оклады и столовая утварь. Долгое время после этого монастырь не работал, как и другие религиозные организации в Костроме. И только в 1989 году его начали возрождать силами священников и жителей региона.