В Костомукше аэропорт отсутствует.
Ближайшая воздушная гавань – аэропорт «Петрозаводск». Он находится в поселке Бесовец, в 500 км от Костомукши. С полосы аэродрома взлетают самолеты рейса Петрозаводск-Москва (Домодедово), вертолеты, связывающие с республиканским центром Кижи и Пудож. Перевозка пассажиров в столицу страны осуществляется на самолетах CRJ-200 канадского производства. Перелеты в районные центры обеспечивают вертолеты МИ-8Т. В аэропорту действует зал ожидания с электронным табло. Для инвалидов сотрудники учреждения предоставляют специальные услуги: выгул собак-проводников, доставка до самолета в санитарном автомобиле, дублирование информации о расписании рейсов звуковыми сигналами.