Церковь Бориса и Глеба была построена в 1525-1531 году и изначально была деревянной. В 1716 году было решено построить каменную церковь. Строительство было осуществлено на средства состоятельных жителей Запрудской слободы Н.Набокова, К.Житникова и продолжалось около 10 лет.
Здание было построено в стиле классицизма, увенчанным широко расставленным пятиглавием. К храму была пристроена трапезная с приделом во имя святых праведных Захарии и Елисаветы. Главной святыней храма была икона нач. XIV в. с изображением Бориса и Глеба, написанных в полный рост. Затем икона была передана Третьяковской галерее. В эпоху СССР храм был подвергнут разрушению: колокольня оказалась уничтожена, росписи на стенах — стерты, в полу - выкопана большая яма, в трапезной части здания - пробита стена для въезда транспорта, так как здание использовалось во время войны как мастерская для ремонта боевой техники, а позже как склад.
С 1995 г. начались работы по восстановлению храма. После многих лет реставрации храму вернули непревзойдённую красоту и вернули копию прежней иконы свв. Бориса и Глеба. В Борисоглебской церкви крестили создателя русского исторического романа И.И.Лажечникова, в ХХ веке здесь часто бывал русский оперный и камерный певец Ф.И.Шаляпин.