Станция Кингисепп впервые начала функционировать в 1870-х годах. Тогда Кингисепп носил свое старое название — Ямбург. Именно тогда в Ямбурге появилась первая небольшая станция, которая сразу же стала принадлежать Балтийской железной дороге. Станция соединяла современные Санкт-Петербург и Таллин. Поскольку данный маршрут пролегал через реку Луга, был построен железнодорожный мост.
Железнодорожная станция Кингисепп — это одно из немногих зданий, которые уцелели после кровопролитной Великой Октябрьской революции. В 1932 году город получил свое современное название — Кингисепп, и станция, соответственно, тоже. Во время Великой Отечественной войны железнодорожная станция сильно пострадала, движение поездов полностью прекратилось. В 1944 году, когда еще продолжались бои, начались первые работы по восстановлению станции. Несколько позже станция вновь начала нормально функционировать.
Обновленная станция «Кингисепп» является относительно молодой станцией, принадлежащей железной дороге Ленинградской области. Обновленная и реконструированная станция вновь начала свою работу 4 августа 2005 года. Церемония открытия была торжественной, на которой присутствовали губернатор, начальник Октябрьской железной дороги и многие другие.