Мечеть построена в 1766 году по личному разрешению Екатерины II. Во время своего визита в столицу Татарстана, императрица выслушала жалобы от местных прихожан, что им негде исполнять религиозный долг, так как местные власти препятствуют воли народа. Таким образом Аль-Марджани стала первой каменной мечетью. Архитектура здания выполнена в стиле барокко. Внутреннее убранство украшено лепниной и позолотой, на полу постелено ковровое покрытие.
Мечеть открыта для посещения туристами, но при соблюдении некоторых правил. Женщины должны быть одеты в закрытую одежду, а голову прикрывать платком. Все посетители должны оставить обувь у порога.