Строительство мечети датируется 1798 годом. Уже в то время в стенах мечети преподавали уроки по географии, математике, помимо религиозных учений. Мечеть посещали различные деятели и известные личности. С 30-х годов прошлого столетия, мечеть была закрыта, минарет разобран до основания, само здание использовалось под общегородские нужды. В 1997 году мечеть вернули мусульманской общине.
Так как здание было практически разрушено, было принято решение о его восстановлении, но по причине отсутствия нужного количества денег, реставрационные работы откладывались на неопределенный срок. В 2015 году мечеть предстала в обновленном виде, однако внутреннее убранство не удалось сохранить. Вход в мечеть открыт всем желающим, по сей день при ней работает Российский исламский институт и общежитие для женщин.