Мечеть является одной из древнейших построек из камня, которые сохранились до наших дней. Она построена в 1768 году с разрешения императрицы Екатерины II. Архитектура здания соединила в себе элементы стиля барокко и татарского декоративного искусства. В течении продолжительного времени мечеть находилась на попечении семьи Апанаевых, в честь которых и получила название.
В 1930 году в здании мечети находился детский сад, а уже в 1995 году мечеть вернули прихожанам. В 2011 году закончились реконструкционные работы по восстановлению здания. Сейчас в мечети проходят обряды, службы, а так же уроки по изучению ислама для всех желающих.