История возникновения первой святыни города Ишима началась в 1775 году. В то время местный церковный староста Желтышев Ларион обратился к преосвященному Варлааму с целью создания новой каменной церкви. Получив одобрение, церковный служитель с местным духовенством совершили закладку первого камня в строительстве долгожданной святыни.
Возведение сооружения происходило на средства жителей города и священнослужителей, а также пожертвований. Строительство шло медленно, но упорно. В 1782 году была окончена и освящена первая очередь постройки, в которую входил Николаевский придел и трапезная.
Спустя два года строители успели застроить второй этаж лишь на половину, так как работы по возведению храма были приостановлены местными властями. Длительное время шли переговоры чиновников со священнослужителями и в 1814 году строительство было успешно завершено.
Сегодня в Богоявленском соборе регулярно проводятся службы, частыми гостями выступают участники «Крестного хода» и дети, состоящие в епархиальной экспедиции под названием «Славянский ход».