Квадратное по форме сооружение, с закруглениями и толщиной стен примерно два метра башня Святого Фомы как и башня Константина была построена из камня - известняка, различного размера, скрепленного известковым раствором. Она играла роль арсенала-хранилища вооружений и боеприпасов. Неподалеку находились продовольственные склады.
До наших дней сохранились трехярусные стены высотой около 4-5 метров. Входя в систему неприступных и грозных городских укреплений, она имела важное стратегическое значение, прикрывая собой подступы со стороны холма, являющего одним из отрогов горного хребта Тепе-Оба впоследствии названного И. Айвазовским горой Митридат. Отсюда открывается незабываемый вид на Феодосийский залив и окрестности, поэтому художник любил тут работать и отдыхать. Недалеко находился его дом, однако до наших дней он не сохранился.
Новое здание феодосийского музея древностей, построенное на деньги Айвазовского, вырученные от выставки картин в Петербурге, было построено именно здесь. Оно было величественным и напоминало греческий храм.Однако жизнь его оказалась недолгой. В период военных действий здание было взорвано и полностью разрушено.