Керкинитида, как назвали город пришедшие сюда греки, была населена ещё в третьем тысячелетии до н.э. Археологические находки свидетельствуют о том, что здесь обитали киммерийцы и тавры. Через тысячелетия город всё же сохранил остатки древности, находящееся на сегодняшний день в центральной части города.
Греки освоили эти земли в начале V века до н.э. на территории гавани Каламитского залива. Город был разрушен и опустел, как предполагают историки, в результате многочисленных нападений скифив в III-II веках до н.э.
Археологи хорошо изучили древний период существования здесь постоянных поселений, однако средневековье не наложило отпечаток на местность и о существовании здесь каких-либо образований не известно. Для историков остаётся загадкой что происходило здесь на протяжении полутора тысяч лет. Известно только о постоянной смене племён и народностей, приходящих с севера и запада. Здесь были хазары, гунны, половцы, печенеги, булгары. Каждый из них оставлял после себя многочисленные могилы воинов, и на сегодняшний день невозможно доподлено установить их принадлежность к определённому народу.
Исторические события стали известны только с приходом на полуостров османов. Они воздвигли на территории города укреплённую крепость, названную Гёзлев, называемую крымскими татарами Кезлев. Происхождение слова остаётся не известным, но учёные предполагают, что с крымскотатарского оно означает «дом с глазом». Крепость была довольно большой, и по описанию османского путешественника Эвлии Челеби имела три тысячи шагов в окружности. Гёзлев был укреплён 24 бастионами, имел форму пятиугольника и выстроен на морском равнинном побережье.
Позднее крепость была большим торговым городом, к гавани которой причаливали суда из Малой Азии и русские купцы. Миновав пять городских ворот жители окрестных посёлков свозили сюда товары. В те времена это был единственный порт Крымского ханства, и по этим причинам быстро богател. А в 1552 году здесь была заложена самая большая мечеть всего полуострова Джума-Джами, которую ещё называют пятничной мечетью или ханской мечетью. Крымский хан заказал проект святыни в Стамбуле знаменитому архитектору, который выстроил множество архитектурных памятников в том числе и мечеть султана Сулеймана (величайшего султана Османской империи). Притом архитектор одновременно строил эти два объекта.
В 1774 году полуостров Крым был завоёван Российской империей и по военному договору с турками, последние отказались от претензий на эти территории. Десяти годами позже вышел указ Екатерины II, который давал городу статус уездного и присваивал ему новое название, в честь древнего Понтийского царя Евпатора, не раз защищавшего город Керкинитиду.
В начале XIX века на этой территории выстроили новый порт, ставший крупнейшим на полуострове. К 1840-м годам в Евпатории выстроили набережную и количество жителей возросло до 11 тысяч и с этих пор постоянно увеличивалось. Крымская война превратила город в укреплённую базу для англо-франко-турацких войск.
Евпатория стала развиваться как город-курорт в 1890-е годы. Прибрежная зона активно застраивалась дачами. А в 1914 году проложили трамвай и железную дорогу.
К 1940 году в курортном городе было задействовано 36 санаториев и гостиниц, а население города составляло 47 тысяч человек. Во времена Великой Отечественной войны город был оккупирован немецкими войсками, от чего ему был нанесён большой урон, разрушено много памятников архитектуры. 18 мая 1944 года прошла волна депортации крымско-татарского населения, армян, болгар и греков. Войсками Гитлера было расстреляно более 12 тысяч человек. В результате город потерял около половины своего населения.