Джанкой был маленьким поселением Крымского ханства, первое упоминание о нем относится к 1784 году. Если перевести «Джанкой» с тюркского, где «джан» переводится как «милый» или же «душа», а «кой» – деревня, то выходит «милая деревня». Поселение располагалась на берегу речки в скупой на воду степи Крыма, что определяло Джанкой как благодатное, «милое» место в период знойного лета. Название «Джанкой» на тот период времени применялось повсеместно. Им были назван ряд селений, например в Евпаторийском, Ялтинском, Феодосийском уездах.
В 1855 году, населенный пункт имел почтовую станцию. Считается, что на месте станции прежде было татарское поселение, которое опустело после того, как коренные жители эмигрировали в Турцию.
На 1865 г. это поселение входило в состав Перекопского уезда, относящегося к Таврической губернии. Его населяли немцы-колонисты, поселившиеся после того, как татары эмигрировали в Турцию. Насчитывалось 20 дворов с населением в 114 человек. Они обрабатывали землю, разводили домашних животных.
В 1871-1874 гг. была построена Лозово-Севастопольская железная дорога, благодаря чему населенный пункт постепенно расширялся. Он соединился дорогой с районами центральной России и Симферополем. А построенная в 1882 году железная дорога, соединяющая Джанкой и Феодосию, сделала его узловым центром. Помещение вокзала, существующее с 1903 года, выполняет свои функции и сегодня. В 1905 году в Джанкой была переведена земская управа из Перекопа. В населенном пункте насчитывалось 13 школ, практиковали лишь трое врачей и семь фельдшеров.
С 1919 года в городе начинает сельскохозяйственную деятельность сионистская организация, которая впоследствии стала первой еврейской земледельческой коммуной, а затем была преобразована в колхоз и просуществовала до 1941 года, когда была уничтожена вместе с ее членами немецкими оккупантами во время войны (Холокост, зима 1941-1942).
В 1917 году поселок Джанкой был переименован в город. Население в ту пору достигало 10 тыс. человек, преимущественно русские и украинцы.
В 1918 году в городе устанавливается Советская власть, но продержаться она смогла всего лишь год, после чего в Джанкое разместился штаб деникинских войск, который просуществовал до 1920 года. Взятие города Красной Армией, можно сказать, стало окончанием гражданской войны.
С 1921 года город стал центром Джанкойского округа. В нем открылись городская амбулатория, стоматологическая больница, функционировало 7 школ, открылся театр, клубы, Дом культуры, детский сад, библиотеки. К 1939 году город уже насчитывал 20 тыс. человек.
Октября 1941 – апрель 1944 гг. – период Великой Отечественной войны, в который Джанкой подвергся сильному разрушению, уцелело лишь одно предприятие из 33-х, существовавших до войны.
В 1961 году Джанкой становится одним из основных пунктов по строительству Северо-Крымского канала. В 1963 году недалеко от города было найдено месторождение газа, запас которого достигал около 6 миллиардов кубометров топлива. Эксплуатировать месторождение начали в 1966 году.
В 60-70 гг. появляются жилые массивы, оснащенные комфортными квартирами. Открылись роддом, универмаг, кинотеатр, дом культуры.
В городе появляются множество заводов, в число которых входят завод комбикорма, молочный завод, мясной комбинат, фабрика, изготавливающая товары для хозяйственных нужд. На сегодняшний день, город разделяется на 2 значимые для государства магистрали. Одна из них – железнодорожная, направление керченское и симферопольское, а другая – автомобильная, соединяющая Харьков с Симферополем.