Карачаево-Черкесский историко-культурный и природный музей-заповедник возник на базе небольшого краеведческого общества, которое начало свою историю еще в станице Баталпашинской. Первые коллекции, которые были выставлены в местном музее, принадлежали местным жителям, школьникам, врачам, государственным служащим, прибывшим из других регионов и учителям.
Выставки зачастую проходили в школах, где были выставлены полезные ископаемые, редкие фотографии, растения и прочие интересные предметы, история которых насчитывает несколько сотен лет. Именно поэтому музей в самом начале назывался школьным. В 1930-е годы у музея произошло радостное событие — он приобрел свое собственное здание. К 1941 году музей разросся и уже насчитывал в себе три отдела: природы, истории и построения социалистического общества.
Также, в этом здании был организован зоосад, где были представлены основные экспонаты кавказской фауны. Во время Великой Отечественной войны все накопленные коллекции погибли, а здание музея было сожжено. После войны музей начал свое восстановление и уже к 1947 году были открыты ранее существовавшие отделы. На сегодняшний день в Государственный Карачаево-Черкесский историко-культурный и природный музей-заповедник входит несколько филиалов, которые расположены на всей территории Карачаево-Черкесской республики. В 1967 году музей вновь получил свое собственное здание, которое является памятником архитектуры.