История Балаклавы насчитывает около 3000 тысяч лет, точной даты основания города назвать трудно. Известно, что берега бухты были плотно заселенны еще с древних времен.
По свидетельству греческих, польских и арабских летописцев, город был известен далеко за пределами Крымского полуострова. Возможно, на территории современного города находился порт листригонов Ламоса (известный из древнегреческих мифов как место великанов-людоедов, с которыми сражался Одиссей во время своих путешествий).
В VI столетии до н.э. было основано Херсонес, вокруг Балаклавской бухты также существовал поселок, который в переводе с греческого назывался «порт предзнаменований» - Сюмболон Лимен.
Совершенно новый период, Римский, начался с 63 года до н.э. после завоевания Малой Азии и Балканского региона Римской империей. В этот период город процветал, стал известным центром торговли. Но мирный период длился недолго. С III начинается великое переселение народов на полуостров Крым, куда кинулись бесстрашные полки гуннов и готов. Начиная с VI столетия, Балаклава принадлежала Византийской империи.
В 1357 году в Балаклаве было возведено великолепную крепость Чембало (от названия Сюмболон) генуэзцами. Также спустя несколько лет недалеко от крепости было построено Храм 12 апостолов. Балаклава была важным стратегическим объектом Генуи, но в 1433 году греческое население Балаклавы начинает протест против колонизации Генуи. Повстанцы смогли целый год удерживать крепость и весь город, но в следующем году войско Генуи отвоевало Чембало в свои владения.
В 1453 году Османская империя разбивает великую Византию, и с 1457 года крепостью удалось завладеть турецкой армаде. С этого момента в городе начинается турецкий период правления. Название города изменено на «Балыклагы», что в переводе означает гнездо, рыбное место. Временами Балаклаву удавалось захватить запорожским казакам, но долго удерживать оборону им так и не удавалось.
В 1771 году методом дипломатии и подписания договоров Турция сдает город Балаклаву во владения князю Долгорукову. С этого времени знаменитая бухта стает важным пристанищем российского морского флота. Через три года турецкие власти признают независимость Крыма, а в 1783 году весь Крым присоединен к России (после подписания манифеста Екатерины II).
Во время Крымской войны город захватили англичане, которыми было построено первую в городе железную дорогу, магазины, центры развлечения и отели. Осенью 1854 года произошло известное Балаклавское сражение, в котором англичане потерпели поражение и потеряли значимую часть своей кавалерии. Через несколько недель поднялась большая буря, которая потопила корабли захватчиков. Данное происшествие породило легенду «золота Черного принца», для исследования которой было организовано Экспедицию подводных работ специального назначения.
Во время Великой Отечественной войны Балаклава стала важным объектом для фашистских войск. Для ее захвата было выделено 72-ю дивизию пехотинцев в сопровождении тяжелой артиллерии. Отечественные защитники потерпели поражение и перенеслись в район генуэзской крепости, которая исполнила роль важного оборонительного щита. Так в ноябре 1941 года советским войскам удалось отбить многочисленные атаки немцев без единой человеческой потери. Оборона длилась до 1942 года, а в 1944 Балаклава была полностью освобождена от фашистских захватчиков.
После окончания войны город превратился в секретную военную базу, а в Балаклавской бухте было организовано дивизию подводных лодок, которые содержали ядерное оружие. Также в толще скалы функционировал подземный завод по ремонту морского транспорта. Вход на территорию данного объекта был закрыт, и лишь с 1995 года было выведено последнюю подлодку России.
Сегодня, когда все военные тайны рассекречены и город приобрел статус курортного места, все больше туристов желают осмотреть живописную бухту, погулять по руинам генуэзской крепости, а также просто позагорать и искупаться в чистом теплом Черном море.