Исакова гора, начальное название, еще в XVI веке упоминалось в монастырских летописях. Цивилизация пришло на Исакогорку лишь когда появился проект строительства железной дороги Вологда-Архангельск. Датой открытия станции считают 17 ноября 1897 года.
Архитекторами Л.В. Кекушевым и И.А. Ивановым-Шитцем был предложен проект единого архитектурного комплекса железной дороги. Был создан неповторимый ансамбль железной дороги, который протянулся на несколько сотен километров. Застройка осуществлялась в новом стиле «модерн».
Станцию «Исакогорка» изначально проектировали как конечную станцию третьего класса. Сейчас она делит свое значение со станцией Архангельск-Город.
На железнодорожной станции было построено двадцать жилых зданий десяти типов. В завершение всего архитектурного ансамбля железной дороги был возведен деревянный храм Сергея Радонежского в 1902 году.